乾元分院傳承于德清縣中醫院，始建于1980年，原是一集中醫藥醫療、康復、教學為一體的一級甲等醫療機構。2008年成為浙江省規范化社區衛生服務中心，2011年由德清縣衛健局規劃成立乾元鎮中心衛生院，2014年成為浙江省第一批甲等鄉鎮衛生院。2018年5月由醫共體牽頭醫院托管，2019年底遷址乾元鎮醫院路80號（德清縣人民醫院乾元院區內），實行“兩塊牌子、一套班子”的管理體制；下轄12個衛生室，2023年8月乾元分院完成從人民醫院系統到衛生院系統的切換創建全國優質服務基層行推薦標準。依托醫共體優勢，提升醫療服務能力，從而達到病患信任、員工自豪、同行尊重、社會滿意的愿景。